O grupo ParaHoxozoa foi assim denominado por causa dos genes ParaHox, os quais são encontrados em todos planulozoários (Cnidaria + Bilateria) e possivelmente também em Placozoa [1]. Os genes Hox e ParaHox desempenham um papel dominante no desenvolvimento ontogenético dos animais, notamentemente na padronização do eixo antero-posterior (ou sagital) de animais triploblásticos com simetria bilateral. Estes genes também agem na padronização do eixo oral-aboral nos cnidários. O nome ParaHoxozoa foi proposto pela primeira vez em 2010 por um grupo de pesquisadores que buscavam desvendar as relações filogenéticas entre os cinco principais ramos de Metazoa, com especial interesse na posição de Ctenophora [2].
A topologia de relações filogenéticas de ParaHoxozoa apresentada no cladograma abaixo segue a proposta apresentada por Claus Nielsen (2019). Entretanto, outros autores não utilizam esta denominação, preferindo incluir Placozoa, Cnidaria e Bilateria no clado Planulozoa seguindo a organização ((Bilateria + (Cnidaria + Placozoa)) [3].
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